Ieder paard heeft een basis vachtkleur, deze kan zwart, bruin of vos zijn. Het Extensie en Agouti gen controleren deze basiskleuren. Het Extensie gen regelt de productie van zwart en rood pigment terwijl de verdeling van het zwarte pigment wordt gecontroleerd door het agouti gen.
De overige kleurgenen fungeren als wijzigingsfactoren (verdunning of depigmentatie) op de basis vachtkleur van een paard. Er zijn ten minste vijf genen die de vachtkleur van een paard verdunnen : Cremello, Champagne, Dun, Pearl en Silver. Daarnaast zijn er een aantal genen bekend die het kleurpatroon wijzigen door het verwijderen van kleur (depigmentatie). Dit betreft de genen Overo, Sabino, Tobiano, Schimmel, Dominant Wit , Witte Vlekken, Appaloosa Spotting en Pattern-1. VHLGenetics biedt momenteel nog geen test aan voor Appaloosa Spotting.
Binnen de hierboven beschreven vachtkleuren, zijn er drie genen die de belangrijkste verschillen verklaren; Het Agouti-, Extensie- en Cremello verdunnings-gen. In de tabel hieronder worden de mogelijke combinaties van deze genen weergegeven.
| Vachtkleur | Agouti | Extensie | Cremello |
|---|---|---|---|
| Zwart | a/a | E/E of E/e | N/N |
| Bruin | A/A of A/a | E/E of E/e | N/N |
| Vos | A/A, A/a of a/a | e/e | N/N |
| Smoky | a/a | E/E of E/e | N/Cr |
| Valk | A/A of A/a | E/E of E/e | N/Cr |
| Palomino | A/A, A/a of a/a | e/e | N/Cr |
| Zilversmoky | a/a | E/E of E/e | Cr/Cr |
| Perlino | A/A of A/a | E/E of E/e | Cr/Cr |
| Cremello | A/A, A/a of a/a | e/e | Cr/Cr |