In de Basenji is een potentieel gevaarlijke nieraandoening bekend, het Fanconi Syndroom (FS). Deze nieraandoening wordt veroorzaakt door een recessieve mutatie in het gen FAN1.
Symptomen variëren in ernst, van niet of nauwelijks klachten tot ernstig nierfalen. Ernstig aangedane honden presenteren zicht met toegenomen dorst, veel plassen, glucose in de urine, uitdroging en gewichtsverlies en uiteindelijk nierfalen. Deze symptomen kunnen zichtbaar worden vanaf dat de hond jong volwassen is tot ongeveer negen jaar oud.
Het Fanconi Syndroom in de Basenji kan worden getest met testnummer H863 of als onderdeel van het CombiBreed pakket Basenji met testnummer H524.